Chaque pôle est piloté par un Chef de pôle, un cadre supérieur de pôle et un directeur adjoint. La nouvelle gouvernance s'est concrétisée par l'élaboration et la mise en oeuvre de projets de pôle et la signature d'un contrat de pôle d'objectifs et de moyens.
La mise en oeuvre en interne de la loi HPST du 21 juillet 2009 a conduit l'établissement a adapté son organisation avec notamment la rédaction et l'adoption d'un nouveau guide de gestion des pôles et la mise en place de nouvelles instances prévues par la loi HPST.